El actual Instituto Nacional de Parasitología -Instituto Nacional de Chagas hasta 1996- fué creado en el año 1962 como Laboratorio Sanitario. Un año después, ante la necesidad de conocer la real importancia de la Enfermedad de Chagas en la Argentina y siendo para ello necesario contar con técnicas uniformes de diagnóstico en el país, se encomienda al por entonces Laboratorio "Dr. Mario Fatala Chabén" la investigación epidemiológica y experimental correspondiente a los programas de acciones sanitarias de la Dirección Nacional de Enfermedades Transmisibles del Ministerio de Salud Pública, la producción y distribución de antígenos y reactivos para el diagnóstico serológico, la formación de recursos humanos y la organización de laboratorios para el diagnóstico serológico de la Enfermedad de Chagas en todo el país.
La sostenida evolución de esta Institución fue provocando cambios organizacionales a lo largo del tiempo, constituyendose ya en 1973 en Instituto Nacional con la consecuente ampliación de sus objetivos y áreas de trabajo. Se desarrollan proyectos dirigidos al mejoramiento de técnicas de diagnóstico, al estudio de agentes quimioterapéuticos y a la formulación de vacunas. Se enfatiza desde entonces, la organización y coordinación de una Red de Centros de Diagnóstico dedicada al control del chagas transfusional, connatal y al diagnóstico serológico del Chagas y otras protozoosis, red que cuenta actualmente con 850 Laboratorios en Argentina y países limítrofes. Con el apoyo del Programa Especial de Investigación y Entrenamiento en Enfermedades Tropicales (TDR) de la Organización Mundial de la Salud, se ha desarrollado desde 1980 una acentuada activación de los planes referidos a capacitación, investigación y equipamiento . El impulso logrado con este aporte y el de los convenios de cooperación científica con Francia - 1982/85 - y de Suecia - 1987/91-, permitieron incorporar en 1981 dos grandes líneas de trabajo que no existían en nuestro país: Biología Molecular y Epidemiología aplicada a las parasitosis. El entrenamiento en Leishmaniasis, Malaria y Toxoplasmosis en cursos crea el marco adecuado para que el Instituto realizara sus investigaciones y actividades sobre el control de la transmisión de las enfermedades tropicales producidas por parásitos prevalentes en la Argentina. Tal es el caso del aporte al control del Chagas a través de una estrategia alternativa con tecnología apropiada para la vigilancia contínua de la transmisión en manos de agentes intermedios y la comunidad misma, que opera desde 1985. También cabe mencionar la vigilancia de Leishmaniasis por la comunidad y el diagnóstico de paludismo, programas que han fortalecido la capacidad del Instituto para efectuar desarrollos contínuos y aplicados en las áreas endémicas.
Desde 1981 el Instituto "Fatala Chabén" es Centro Nacional de Referencia en Investigación y Diagnóstico de la Enfermedad de Chagas y otras protozoosis y desde 1982 Centro Colaborador de la OPS/OMS. Inició en 1983 la organización del Control de Calidad del diagnóstico serológico en los laboratorios de la Red, estimulando la organización de redes provinciales de diagnóstico de protozoosis. En 1993 se incorpora al Instituto el Programa Nacional de Control de Lepra cuyos objetivos comprenden la detección precoz, tratamiento oportuno, vigilancia post-terapéutica, prevención y atención de pacientes discapacitados. A partir del Decreto 1628/96 que crea la Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud (ANLIS), el Instituto Nacional de Chagas es transformado en Instituto Nacional de Parasitología,, consistiendo su responsabilidad primaria en la realización y coordinación de acciones de investigación, prevención, producción, diagnóstico, tratamiento , docencia y normatización de las parasitosis producidas por protozoarios y helmintos y la ejecución del Plan Nacional para el control de la Lepra en todo el territorio nacional.
A lo largo de 35 años de actividad ha desarrollado una intensa y productiva relación con numerosas instituciones en el país y en el extranjero, alcanzando los objetivos que originaron su creación y aceptando nuevas actividades que hacen al mejoramiento de la salud de la población. El apoyo de programas del CONICET , de la Secretaría de Ciencia y Técnica, de OMS, la Oficina Panamericana de la Salud (OPS), del Programa de las Naciones Unidas para el Desarrollo (PNUD) y los concretados con Francia y Suecia, resultaron imprescindibles para completar el aporte del Ministerio de Salud y Acción Social en el crecimiento del Instituto y el desarrollo de su capacidad de seguir y anticipar necesidades .
En los últimos años el Instituto ha consolidado la conexión de trabajo con los laboratorios del país y con los países de la región, Bolivia, Brasil, Colombia, Chile, México, Honduras, Paraguay y Uruguay para los que actúa como Centro de Referencia Internacional del Diagnóstico de la Enfermedad de Chagas.